Ekologia wyjaśnia zależności między pszczołami a ich środowiskiem. Obejmuje dostępność pokarmu, konkurencję i wpływ działalności człowieka. Pomaga oceniać skutki lokalizacji oraz zagęszczenia pasiek. Ważna jest ochrona siedlisk dzikich zapylaczy. Ekologiczne podejście wymaga więcej niż naturalnego wizerunku produktu. Powinno opierać się na rzeczywistym ograniczaniu presji środowiskowej.
